Shopee已在马来西亚、泰国、菲律宾、越南等市场设立海外仓，并在中国南宁加设境内仓;同时，中国卖家可开设第三方仓库(3PF)店铺，前台显示本地发货。
具体来说，Shopee提供仓储、出货、售后等一站式管理：卖家只需负责将商品运货到当地市场海外仓或南宁仓;店铺产生订单后，打包出货、跟进售后等环节由Shopee负责。
开通官方仓的卖家，可获得Shopee提供秒杀位、广告、活动等独有的激励资源支持。
除了官方仓外，Shopee为具备第三方仓库(3PF)或自有仓本地化履约能力的中国卖家，开设更灵活适宜的“第三方仓库店铺”物流方式。
跨境卖家可以通过Shopee卖家中心创建3PF店铺，根据自己的商品尺寸及价格定位最合适自己的仓库服务商或自有仓库，节省成本提高时效，前台上新展示本地发货。
卖家满足报名要求和考核目标并通过Shopee审核，即可选择使用当地自有仓库或与本地其他第三方仓库合作，对接Shopee的尾程。
另外，Shopee今年新增了中国南宁境内仓，卖家可批量发货至Shopee位于中国南宁保税区的仓库，由平台仓库提供一件代发、报关清关、境外尾程一条龙服务，一份库存同时覆盖泰国和越南市场。
南宁仓发货时效为24小时，入库时效为24小时，实际出库时效相比SLS快2-3天，库存准确率达100%。与SLS相比，南宁仓发货至泰国的尾程费用降低70%，发货至越南尾程费用降低50%。Shopee南宁仓还可以提前15天提醒卖家补货，避免30%以上订单流失。
据统计，在今年9.9大促当天东南亚知名美妆品牌卖家全店单量较平日增长约10倍，南宁仓出库单量约5500单。
与此同时，Shopee还对仓内运营流程、系统功能进行了全新升级，推出了以下新功能。
入库流程中，增加了入库预约流程、入库异常处理流程，同时入库异常处理功能上线卖家中心。新功能使得平均入库时效达成率在2022年上半年提升94%，异常处理平均时效缩短1-2周。
仓储方面，增加了退库或销毁申请、丢失损坏库存赔偿、商品重量、规格二次校验及修正。出库方面，新增海外仓履约订单取消率监控，目前出库时效达成提升99.7%，菲律宾海外仓的订单取消率在2022上半年下降至0.32%。
尾程配送方面，新增了尾程派送丢件或未送达主动赔偿，赔偿时效缩短至15天。
退货&退款方面，新增了退货退款流程及争议升级处理。如因官方仓或者尾程物流责任造成的配送失败和二次入库，将退回运费;如不能二次入库，将退回运费和货值。
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